V průběhu rozpočtového roku dochází k nesrovnalostem mezi rozpočtem a skutečností, které jsou často vyvolány organizačními změnami, změnami zákonů, nebo dalšími objektivními skutečnostmi např. haváriemi, přírodními katastrofami apod. Všechny tyto skutečnosti, které nebyly známy v době tvorby a schvalování rozpočtu musí být řešeny změnou rozpočtu, které se provádí rozpočtovými opatřeními.
Kontrola hospodaření musí začínat od nejnižších článků řízení, tj. od vedoucích jednotlivých odborů, kteří musí sledovat a pravidelně vyhodnocovat svou část rozpočtu a činit opatření k dodržení závazných ukazatelů, za které jsou odpovědni.
Kontrola na všech úrovních porovnává schválený rozpočet, upravený rozpočet a účetní skutečnost a jejich vzájemný procentuální podíl za hodnocené období. Porovnání plnění rozpočtu doporučujeme sledovat ve víceletých časových řadách.
Kontrolu plnění rozpočtu doporučujeme provádět pravidelně, z praxe vyplývá jako nejvhodnější následující periodicita:
- měsíčně vedoucími odborů v podrobnosti rozpočtové skladby a závazných ukazatelů,
- měsíčně vedoucím finančního odboru souhrnně za celý rozpočet,
- měsíčně vedením města,
- měsíčně finančním výborem,
- měsíčně radou (v zákoně o obcím č. 128/2000 Sb. je stanoveno, že zabezpečovat hospodaření podle schváleného rozpočtu je vyhrazeno radě),
- čtvrtletně zastupitelstvem města, a to v podrobnosti schválených závazných ukazatelů a v takové podrobnosti, která umožní zastupitelům zodpovědně rozhodnout o navrhovaných rozpočtových opatřeních (změnách závazných ukazatelů).
Změny závazných ukazatelů může schválit pouze zastupitelstvo města, zastupitelstvo může přenést pravomoc na radu města k projednávání změn rozpočtu, kdy nedochází ke změně závazných ukazatelů. Při každém návrhu na zapracování nového výdaje do rozpočtu je nutno stanovit i způsob financování, např. snížením některého závazného ukazatele, protože plnění je oproti předpokladu nižší, nebo lze některou rozpočtovanou akci nižší priority přesunout do dalšího roku.