Společnost AQE Brno, v.o.s. byla založena v roce 1991 s cílem poskytovat poradenství pro veřejný sektor primárně v oblasti životního prostředí a obnovitelných zdrojů energie. V počátku 90-tých let však společnost reagovala na potřeby veřejného sektoru, které byly ovlivněny dynamickým politicko-ekonomickým rozvojem společnosti.

Na základě zkušeností jednotlivých expertů společnosti tak došlo v roce 1994 ke koncepční změně strategie. Hlavním zaměřením společnosti se stalo poradenství pro veřejný sektor, a to zejména v oblastech strategického plánování, ekonomického řízení a procesního modelování.

Během let 1994 - 2005 společnost poskytla své služby více jak 1.000 zákazníkům, zejména z veřejného sektoru, a na základě dlouhodobých zkušeností vyvinula vlastní software na řízení rozpočtů pro veřejný sektor - FISO.

V roce 2005 byla následně založena společnost AQE advisors, s.r.o., která převzala veškeré aktivity AQE Brno, v.o.s. a postupně dále zvyšovala tržní podíl a rozsah nabízených služeb pro veřejný sektor. Zásadním rozhodnutím pak bylo zaměření na čerpání dotací z fondů EU, a to jak pro žadatele, tak pro řídící i zprostředkující subjekty.

V roce 2007 byla společnost transformována na akciovou společnost a základní kapitál navýšen na 3 mil. Kč, což bylo determinováno potřebou zajistit udržitelnost strategie na další období, ale i potřebou vytvořit a implementovat odpovídající corporate governance, reagující na vývoj společnosti.

V roce 2011 společnost navýšila základní kapitál společnosti o 7.000.000,- Kč na celkovou výši 10.000.000,- Kč. AQE advisors, a.s se tak zařadila mezi kapitálově nejsilnější české poradenské společnosti. Prostředky byly investovány zejména do vývoje vlastních IT řešení, které slouží k implementaci doporučení a návrhů pro zákazníky společnosti.